Tahun U.C. 0105. Dua belas tahun telah berlalu sejak berakhirnya Perang Neo Zeon kedua (Pemberontakan Char). Bahkan setelah “Kejutan Poros”, yang tampaknya menunjukkan masa depan umat manusia dan Abad Universal, dunia masih dalam situasi kacau di mana konflik militer terus-menerus pecah. Pemerintah Federasi Bumi lebih korup dari sebelumnya, dan kepemimpinannya tidak hanya mempercepat polusi Bumi. Tetapi juga menerapkan kebijakan “Perburuan Manusia” yang tidak manusiawi di mana warga sipil diasingkan secara paksa ke luar angkasa. Organisasi pemerintah anti-Federasi “Mafty” yang dipimpin oleh seseorang yang disebut “Mafty Navue Erin”. Organisasi tersebut telah mengambil sikap menentang korupsi Earth Sphere. Mafty melakukan aksi terorisme yang ganas, membunuh pejabat tinggi pemerintah Federasi satu demi satu. Tetapi mendapatkan dukungan tingkat tertentu dari masyarakat yang semakin menentang pemerintah Federasi. Orang yang menyebut dirinya “Mafty” dan memimpin organisasi ini adalah Hathaway Noa, putra Bright Noa, seorang perwira Pasukan Federasi Bumi yang pernah berpartisipasi dalam Perang Satu Tahun. Hathaway sendiri bergabung dengan pasukan yang mencoba menghentikan Pemberontakan Char. Dengan pengetahuan langsung tentang cita-cita dan ideologi Amuro Ray dan Char Aznable, ia telah menjadi seorang pejuang yang mengikuti jejak mereka, dan berencana untuk membuka jalan ke depan melalui perlawanan bersenjata. Nasibnya, bagaimanapun, berubah secara drastis saat ia bertemu dengan perwira Pasukan Federasi Kenneth Sleg dan seorang gadis cantik misterius bernama Gigi Andalucia.